José Manoel da Conceição nasceu em São Paulo em 1822. Ainda jovem, ingressou no Seminário Católico e tornou-se padre. Na década de 1860, com o início do intercâmbio de missionários e pastores protestantes no Brasil, passou a ter relação próxima a doutrina de fé reformada.

Ainda na década de 1860, abandonou a doutrina católica romana e converteu-se ao presbiterianismo e foi o primeiro pastor formado em terras brasileiras. Ao longo da vida pastoral, não teve uma igreja fixa e o seu trabalho missionário tornou-se itinerante. Desbravou o interior de São Paulo onde a missão presbiteriana ancorava raízes com uma interpretação diferente da Bíblia aos quais os habitantes da região estavam acostumados.